1Die Bausteine: dNTP und NTP
Zellen bauen DNA aus Desoxyribonukleosidtriphosphaten (dNTP) und RNA aus Ribonukleosidtriphosphaten (NTP). Beide sind fast gleich gebaut. Wo unterscheiden sie sich?
Ziehen oder Pfeiltasten drehen das 3D-Bild, Mausrad oder + / − vergrößern, 0 setzt zurück. Beide Moleküle drehen gemeinsam.
Weiter: Basenpaarung: Welcher Baustein passt?
Modell und Grenzen
- Die 3D-Modelle zeigen je eine mögliche Form der Moleküle: die idealen Koordinaten aus dem Chemical Component Dictionary der wwPDB (dATP: DTP, dTTP: TTP, dGTP: DGT, dCTP: DCP, ATP, UTP, GTP, CTP). In Lösung bewegen sich die Triphosphatkette und die Zuckerfaltung ständig.
- In der Zeichnung tragen die Phosphatgruppen ihre Ladung (O⁻), wie bei pH 7. Im 3D-Modell fehlen die sauren H-Atome der Phosphatgruppen aus demselben Grund, Ladungen sind dort nicht eingezeichnet. In der Zelle binden die Phosphatgruppen außerdem Magnesiumionen; Wasser und Ionen sind nicht gezeigt.
- Die Strukturformel der Base ist aus den Koordinaten kristallisierter Nukleinsäuren (1BNA für DNA, 1QC0 für RNA) in die Ebene des Basenpaares projiziert, damit Zeichnung und 3D-Bild zusammenpassen. Welche Doppelbindungen eingezeichnet sind, ist eine Konvention (Kekulé-Formel); die Elektronen sind im Ring verteilt.
- Die Zeichnung des Zuckers ist schematisch: Sie zeigt die Verknüpfung der Atome, nicht die räumliche Faltung des Rings.
- Die Spaltstelle zeigt, wo die Bindung bricht, wenn die DNA- oder RNA-Polymerase ein Nukleotid anhängt: zwischen dem α- und dem β-Phosphat. Das Enzym und das Magnesium, die das ermöglichen, sind nicht gezeigt.